Otro micro-post 
si alguna vez necesitaron agregar una pista de audio a un vídeo entonces lo que buscan es Mencoder (parte de MPlayer).
Desde la shell tenemos que ejecutar mencoder con los siguientes parametros:
mencoder videoSinAudio.xxx -o videoFinal.xxx -ovc copy -oac copy -audiofile audio.yyy
-ovc copy le pide al mencoder que no encodee el video en el archivo de salida y -oac copy le pide que no encodee el audio (o sea, que simplemente junte los archivos de entrada).
Otra herramienta muy útil para modificar/encodear (y otras cosas) es el FFmpeg.
Se pueden encontrar otros usos comunes en este Tutorial FFmpeg y Mencoder.
Hace unos dias un amigo me pregunto como podia eliminar el sonido de un video; con mencoder simplemente debemos usar el parametro noaudio:
mencoder video.mov -o videosinsonido.mov -ovc copy -noaudio